Zakład Genetyki Klinicznej i Molekularnej

Zespół

Zakład Genetyki Klinicznej i Molekularnej tworzy zespół z wieloletnim doświadczeniem w diagnostyce genetycznej i badaniach z wykorzystaniem technik biologii molekularnej o wysokich kwalifikacjach. W zespole pracują specjaliści z laboratoryjnej genetyki medycznej, genetyki klinicznej, diagności laboratoryjni, biolodzy/biotechnolodzy, bioinformatycy, technicy analityki medycznej oraz sekretarki medyczne. Zespół stale poszerza wiedzę, biorąc udział w licznych szkoleniach, kursach i konferencjach.

Pracownicy Zakładu Genetyki Klinicznej i Molekularnej są również wykładowcami na wielu konferencjach i kursach, prowadzą również staże dla diagnostów i lekarzy specjalizujących się w laboratoryjnej i klinicznej genetyce.

Zakres działalności

Zakład Genetyki Klinicznej i Molekularnej powstał w 2019 roku z połączenia dwóch pracowni zajmujących się diagnostyką genetyczną w Narodowym Instytucie Onkologii w Gliwicach: Pracowni Diagnostyki Molekularnej i Genomiki Funkcjonalnej oraz Pracowni Genetyki. Od 2022 roku w strukturze zakładu działa Poradnia Genetyczna.

W Zakładzie Genetyki Klinicznej i Molekularnej prowadzone są badania w kierunku identyfikacji wariantów germinalnych/somatycznych w genach związanych z chorobą nowotworową lub predyspozycją do rozwoju nowotworów oraz z kwalifikacją pacjentów do terapii ukierunkowanych molekularnie. Wykonywane są również badania genetyczne związane z oceną wrażliwości lub oporności na określone terapie (molekularne/systemowe) lub oceną biomarkerów będących czynnikami prognostycznymi i/lub predykcyjnymi. Wykonywana diagnostyka genetyczna stanowi wsparcie w różnicowaniu nowotworów, w doborze odpowiedniej terapii celowanej molekularnie (w ramach spersonalizowanego podejścia terapeutycznego) oraz identyfikacji i objęciu opieką osób z predyspozycją do rozwoju dziedzicznych zespołów nowotworowych.

Zakład Genetyki Klinicznej i Molekularnej prowadzi działalność naukową związaną z biologią molekularną nowotworów, poszukiwaniem markerów prognostycznych i predykcyjnych u chorych z rozpoznaniem nowotworu złośliwego. Zakład współpracuje z klinikami Narodowego Instytutu Onkologii w Gliwicach oraz z licznymi jednostkami zewnętrznymi, biorąc udział w profilowaniu molekularnym raka piersi i jajnika, raka tarczycy, nowotworów głowy i szyi, guzów mózgu, raka płuca i innych. Badania prowadzone są z wykorzystaniem różnych technik molekularnych, w tym wielkoskalowych technik sekwencjonowania następnej generacji, ilościowej reakcji PCR w czasie rzeczywistym, oraz z wykorzystaniem różnego typu materiału (od materiału archiwalnego, przez materiał pooperacyjny świeży zamrożony, krew obwodową, po materiał biopsyjny, w tym z biopsji płynnej).

W zakres działalności Zakładu Genetyki Klinicznej i Molekularnej wchodzą:

Diagnostyka genetyczna somatyczna w kwalifikacji pacjenta do terapii celowanych molekularnie (bloczek parafinowy)

Materiał do badań stanowi utrwalony fragment guza nowotworowego zatopiony w bloczku parafinowym lub biopsja gruboigłowa/biopsja aspiracyjna cienkoigłowa/biopsja wycinkowa, przez co wynik badania stanowi odzwierciedlenie unikalnej charakterystyki molekularnej guza.

Wykonywane są badania genetyczne, które są niezbędne do kwalifikacji pacjenta do terapii ukierunkowanych molekularnie lub w celu ustalenia rozpoznania, a także w ocenie biomarkerów predykcyjnych i prognostycznych w wielu nowotworach o charakterze guza litego, w tym: raku jelita grubego, raku płuca, raku jajnika, raku piersi, raku gruczołu krokowego, endometrium (trzon macicy), podścieliska przewodu pokarmowego (GIST), mięsakach, czerniaku oraz w różnicowaniu guzów mózgu. Oceniane są geny zarówno pod kątem zmian punktowych typu del/ins oraz fuzji genowych (rearanżacji). Badanie wykonywane jest z wykorzystaniem techniki sekwencjonowania następnej generacji pozwalającej na odczyt pełnej sekwencji genów lub technika ilościowej reakcji PCR, gdy istotne jest sprawdzenie tylko jednej zmiany, np. kodon 600 genu BRAF.

Lista ocenianych genów

AKT1	ALK	BRAF	BCOR	BRCA1	BRCA2	CTNNB1	CCNB3	EGFR	ETV1,4,5,6
ESR1	EWSR1	EPCAM	ERBB2	FOXL2	FOXO1	GLI1	GNA11	GNAQ	GNAS
HRAS	IDH1	IDH2	KEAP1	KIT	KRAS	MBTD1	MDM2	MET	MLH1
MSH2	MSH6	MYOD1	NCOA1,2,3	NRAS	NUTM1	PAX3	PDGFRA	PIK3CA	PMS2
POLD1	POLE	RET	ROS1	STK11	SS18	STAT6	TFE3	TFG	pTERT
TERT	TP53	YAP1
Markery niestabilności genetycznej:
Niestabilność mikrostelitarna (MSI)
Obciążenie mutacyjne komórek nowotworowych (TMB)

Diagnostyka molekularna w kwalifikacji pacjenta do terapii celowanych molekularnie, monitorowania choroby oraz odpowiedzi na leczenie (biopsja płynna)

Materiał do badań stanowi biopsja płynna, z której izolowany jest wolnokrążący nowotworowy DNA (ctDNA).

Badania mają na celu detekcję wariantów genowych odpowiedzialnych za wrażliwość/oporność komórek nowotworowych na terapię celowaną molekularnie w raku jelita grubego, raku płuca, raku gruczołu krokowego oraz w czerniaku. Badanie wykonywane jest, gdy materiał z bloczka jest niedostępny lub jest nie diagnostyczny, a także w monitorowaniu leczenia, np. ukierunkowanego na wariant T790M genu EGFRoporności wtórnej na leczenie z wykorzystaniem inhibitorów kinazy tyrozynowej EGFR.

Lista ocenianych genów

KRAS

BRAF

NRAS

EGFR

BRCA1

BRCA2

Diagnostyka genetyczna uwarunkowanych dziedzicznie zespołów nowotworowych w ramach świadczeń udzielanych w Poradni Genetycznej

Materiał do badań stanowi krew obwodowa.

Wynik nieprawidłowy oznaczający obecność wariantu patogennego lub prawdopodobnie patogennego u chorego może wpływać na zastosowanie i dobór odpowiedniego leczenia, ale także umożliwia objęcie poradnictwem, diagnostyką i profilaktyką krewnych pacjenta, dając szansę na wczesne wykrycie nowotworu.

Wykonywane są oznaczenia genów: BRCA1, BRCA2, PALB2, CHEK2, TP53, CDH1, CDKN2A, MEN1, MEN2, RET, VHL, SDHAF2, SDHA, SDHB, SDHC, SDHD, MAX, TMEM127, NF1, NF2, AP2S1, CASR, CDKN1A, CDKN1B, CDKN2B, CDKN2C, EPAS1, GNA11, CDC73, PTH, KIF1B, PRKAR1A, PTEN, AIP, APC, BMPR1A, MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, EPCAM, STK11, MUTYH, SMAD4.

Zakład Genetyki Klinicznej i Molekularnej bierze udział w zewnętrznej kontroli jakości badań genetycznych i molekularnych w ramach schematów organizowanych przez EMQN i GenQA. Organizacje te posiadają akredytację UKAS (United Kingdom Acreditation Service) zgodnie z międzynarodowym standardem dla dostawców programów EQA (ISO 17043). W ramach schematów, do których przystępuje Zakład Genetyki Klinicznej i Molekularnej, oceniana jest detekcja wariantów genetycznych, wydawana interpretacja znaczenia klinicznego wykrytych zmian oraz przygotowywany wynik dla pacjenta.

Techniki biologii molekularnej wykorzystywane w diagnostyce genetycznej realizowanej w Zakładzie Genetyki Klinicznej i Molekularnej:

• sekwencjonowanie następnej generacji (next generation sequencing – NGS),
• sekwencjonowanie DNA metodą Sangera,
• ilościowa reakcja PCR w czasie rzeczywistym (qPCR),
• reakcja łańcuchowa polimerazy (PCR oraz RT-PCR),
• ASA-PCR (amplifikacja allelospecyficzna),
• RFLP (polimorfizm długości fragmentów restrykcyjnych),
• odmiana reakcji łańcuchowej polimerazy do oceny dużych delecji – MLPA (multipleksowa zależna od ligacji amplifikacja sond).

Poradnia Genetyczna

Zakres działalności i zasady przyjęć znajdują się w zakładce Poradni Genetycznej.

Najważniejsze publikacje

Pracownicy Zakładu Genetyki Klinicznej i Molekularnej są autorami i współautorami wielu publikacji w języku polskim i angielskim.

1. Standardy diagnostyki genetycznej PTGC. Zmiany somatyczne w nowotworach litych dzieci i dorosłych. Praca zbiorowa pod redakcją dr hab. n. med. Artura Kowalika, prof. UJK, Wydanie I. Zespół redakcyjny: prof. dr hab. n. med. i n. o zdr. Marzena Anna Lewandowska, MBA; dr hab. n. med. Izabela Łaczmańska; dr hab. n. med. Małgorzata Oczko-Wojciechowska, MBA; dr hab. n. med. Joanna Turbicka, prof. IPCZD; dr n. med. Andrzej Tysarowski; dr n. med. Piotr Wójcik. Gdynia 2024, Wydawnictwo Echokompedium, ISBN 978-83-938465-6-6
2. European perspective on the use of molecular tests in the diagnosis and therapy of thyroid neoplasms. Małgorzata Oczko-Wojciechowska, Agnieszka Kotecka-Blicharz, Jolanta Krajewska, Dagmara Rusinek, Marcin Barczyński, Barbara Jarząb, Agnieszka Czarniecka. Gland Surg. 2020 Feb;9(Suppl 2):S69-S76, doi: 10.21037/gs.2019.10.26.
3. Current status of the prognostic molecular markers in medullary thyroid carcinoma. Malgorzata Oczko-Wojciechowska, Agnieszka Czarniecka, Tomasz Gawlik, Barbara Jarzab, Jolanta Krajewska. Endocr Connect. 2020 Dec;9(12):R251-R263, doi: 10.1530/EC-20-0374.
4. TERT Promoter Mutations and Their Impact on Gene Expression Profile in Papillary Thyroid Carcinoma. Dagmara Rusinek, Aleksandra Pfeifer, Marta Cieslicka, Malgorzata Kowalska, Agnieszka Pawlaczek, Jolanta Krajewska, Sylwia Szpak-Ulczok, Tomasz Tyszkiewicz, Monika Halczok, Agnieszka Czarniecka, Ewa Zembala-Nozynska, Mykola Chekan, Roman Lamch, Daria Handkiewicz-Junak, Aleksandra Ledwon, Ewa Paliczka-Cieslik, Aleksandra Kropinska, Barbara Jarzab, Malgorzata Oczko-Wojciechowska. Cancers (Basel). 2020 Jun 17;12(6):1597, doi: 10.3390/cancers12061597.
5. The phenomenon of the BRAF and TERTp mutational duet in melanoma and other cancers. Dagmara Rusinek, Aleksandra Pfeifer, Artur Zajkowicz, Karolina Tęcza, Jolanta Pamula-Pilat, Anna M. Czarnecka, Małgorzata Oczko-Wojciechowska. NOWOTWORY J Oncol 2024; 74. Published online: 2024-12-16. DOI: 10.5603/njo.103026.
6. Are the Common Genetic 3′UTR Variants in ADME Genes Playing a Role in Tolerance of Breast Cancer Chemotherapy? Karolina Tęcza, Magdalena Kalinowska-Herok, Dagmara Rusinek, Artur Zajkowicz, Aleksandra Pfeifer, Małgorzata Oczko-Wojciechowska, Jolanta Pamuła-Piłat. International  Journal of Molecular Sciences 2024, 25(22), 12283;